Экспрессия генов фиброгенеза в тканях больных атеросклерозом сонных артерий

   У больных атеросклерозом сонных артерий проведен полногеномный сравнительный анализ экспрессии между клетками сонных артерий в области атеросклеротических бляшек (САБ, n = 3) и интактными внутренними грудными артериями (ВГА, n = 2) с использованием микрочипов HumanHT-12_V4 BeadChip (Illumina, США). Выполнена таргетная оценка экспрессии генов ADAMDEC1, ITGB5, TIMP2 и ММР3 в лейкоцитах крови пациентов с атеросклерозом сонных артерий (n = 21). Выявлено что в САБ наблюдается существенное увеличение экспрессии генов внеклеточного матрикса (CD44, COL1A2, COL3A1, COL5A2, FMOD, HAPLN1, ITGA11, ITGAV, SPARC, SPP1, SULF1, TIMP1; |FC|≥2; pFDR = 1,44×10-7). Гены ADAMDEC1, ITGB5 и TIMP2 характеризуются увеличением экспрессии в САБ по сравнению с ВГА (рFDR = 0,018; рFDR = 0,011; рFDR = 0,006 соответственно). Гены ADAMDEC1, ITGB5 и TIMP2 экспрессируются в лейкоцитах периферической крови больных, где набольший уровень экспрессии показан для гена TIMP2. Оценка изменения уровня экспрессии в зависимости от генотипов показала, что у носителей генотипа ТТ rs1007856 гена ITGB5 наблюдается самый низкий уровень экспрессии гена по сравнению с носителями генотипов СС и СТ (p = 0,034). Таким образом, атеросклероз сонных артерий связан с увеличением функциональной активности генов фиброгенеза в сосудах и лейкоцитах крови. Полиморфизм rs1007856 является eQTL для гена ITGB5 в лейкоцитах крови пациентов.

1. Palm F., Pussinen P. J., Safer A. et al. Serum matrix metalloproteinase-8, tissue inhibitor of metalloproteinase and myeloperoxidase in ischemic stroke. Atherosclerosis. 2018; 271: 9-14. https://doi.org/10.1016/j.atherosclerosis.2018.02.012.

2. Taylor S. C., Laperriere G., Germain H. Droplet Digital PCR versus qPCR for gene expression analysis with low abundant targets: from variable nonsense to publication quality data. Sci Rep. 2017; 7 (1): 2409. https://doi.org/10.1038/s41598-017-02217-x.

3. Гончарова И. А. Генетическая предрасположенность к инфаркту миокарда в разных возрастных группах / И. А. Гончарвоа [и др.] // Молекулярная биология. - 2020. - 54 (2): 224-232. https://doi.org/10.31857/S0026898420020044.

4. Гончарова И. А. Роль генов фиброгенеза в формировании подверженности к коронарному атеросклерозу / И. А. Гончарова [и др.] // Кардиология. - 2018. - 58 (8): 33-44. https://doi.org/10.18087/cardio.2018.8.10160

5. Гончарова И. А. Вклад генов фиброгенеза в изменчивость эхокардиографических параметров миокарда у больных ИБС в зависимости от тяжести течения заболевания / И. А. Гончарова [и др.] // В сборнике: Генетика человека и патология : Сборник научных трудов : Выпуск 11 / Под редакцией В. А. Степанова. - 2017: 77-78.

6. Гончарова И. А. Гены фиброгенеза в детерминации предрасположенности к инфаркту миокарда / И. А. Гончарвоа [и др.] // Молекулярная биология. - 2016. -50 (1): 94-105. https://doi.org/10.7868/S0026898415060099.

7. Bysani M., Agren R., Davegårdh C. et al. ATAC-seq reveals alterations in open chromatin in Pancreatic Islets from subjects with type 2 diabetes // Sci Rep. - 2019. - Vol. 9 (1): 7785.

8. Koliadenko V., Wilanowski T. Additional functions of selected proteins involved in DNA repair. Free Radic. Biol. Med. 2020; 146:1-15. https://doi.org/10.1016/j.freeradbiomed.2019.10.010.

9. Xia Q., Zhang J., Han Y. et al. Epigenetic regulation of regulatory T cells in patients with abdominal aortic aneurysm. FEBS Open Bio. 2019; 9 (6): 1137-1143.